Коли відбувається вторгнення вірусу, утворюється гід – молекула РНК, що несе в собі інформацію про віруси, і разом із Cas-білками виконує функцію їх пошуку та знищення. Cas-білок акуратно «вирізає» послідовність ДНК вірусу, у такий спосіб убиваючи двох зайців – знищує вірус і заодно збирає нові спейсери, якщо є необхідність. Ця битва зі злом може бути нескінченною, адже віруси мутують, CRISPR РНК із білками перестають їх розпізнавати. Окрім того, з ДНК згодом стираються спейсери з даними про віруси, які давно не атакували клітину.
